Olá,
Estou criando um site bem simples para controle dos arquivos do trabalho.
Criei um CONTROLLER que chama as views.
As views possuem links para os arquivos, só que quando clico no link, em vez de aparecer aquela caixa de diálogo perguntando se eu quero abrir ou salvar o arquivo, acusa página não encontrada...
Um exemplo de link:
[a href="arquivo/memorando/2009/memo001.pdf"]MEMORANDO 001[/a]
A localização do arquivo aparece certinha quando coloco o mouse sobre o link, mas acusa erro de página. Tirei essa página do CODEIGNITER e implementei com PHP puro e deu certo!

Isso deve resolver...
Tente fazer uma classe com o tutorial desse site http://my.opera.com/digitalmasters/blog/force-download, este tutorial mostra como forçar o download de algo, sendo assim, você poderá criar umm link que direcione para um Controller, chamando uma função e executando oo arquivo que está na url.
Nota: recomendo guardar seus arquivo de download em uma pasta só para isso, pois, evita que alguém baixe algum arquivo indesejado do seu host.
Atenciosamente,
Elton Schivei Costa.
"Ser diferente é ser igual à todo mundo!"